Il comune di Novate Milanese si trova a nord di Milano, confina con il comune di Bollate, il comune di Baranzate, il comune di Cormano, il quartiere Comasina di Milano, il quartiere Bovisasca di Milano, il quartiere Quarto Oggiaro di Milano e il quartiere Sacco di Milano.
Il comune di Novate Milanese è collegato con i comuni vicini grazie alla ferrovia e agli autobus urbani e interurbani gestiti da ATM.
Per quanto riguarda la viabilità extraurbana, il comune di Novate Milanese è attraversato dall’autostrada Torino-Trieste e dalla Tangenziale Nord di Milano.